承接电视版的故事，艾力克兄弟各自在两个不同世界生活，想尽办法期望能再次相见弟弟艾尔凡斯？艾力克虽然凭着哥哥爱德华？艾力克的炼成而取回肉身，但失去了四年旅程记忆。他决定跟师傅泉重新修行炼金术，为找寻哥哥继续踏上征途。爱德华给卷到1923年的德国慕尼黑，当时一场世界大战蓄势待发。他尝试用火箭工学的力量重返故乡，但总是找不到头绪，期间竟重遇宿敌安比，二人展开连番激战。另一方面，秘密团体图利协会为寻找理想国‘森巴拉’，利用已化作龙的安比和爱德华所画的炼成阵，终于成功打开了连结‘炼金术世界’和‘现实世界’的‘门’。两个世界意外地连结在一起，令炼金术世界陷入绝大危机。两兄弟相见这个宿愿，跟前所未有的世界危机交织一起，艾力克兄弟怎样面对这个全新局面？
